1. Felépítés és működési elv: A gázkromatográfia-tömegspektrometria (GC-MS) egy olyan eszköz, amely tömegspektrometriás detektort ad a gázkromatográfhoz. A gázkromatográf gázt használ vivőgázként, felmelegíti és elpárologtatja a mintát a gázfázisba, majd a kromatográfiás oszlop mentén továbbítja a detektorhoz. A gázkromatográfiás tömegspektrométer szintén gázt használ vivőgázként a minta felmelegítéséhez és gázfázisba történő párologtatásához. A kromatográfiát követően azonban a mintamolekulákat egy ionforrás ionizálja, ami ionáramot eredményez, amely a tömegspektrometriás detektorba kerül kimutatás céljából. Az analizátor által végzett elemzés után a jelet a detektor rögzíti, hogy információt kapjon a minta összetételéről. Ezért a gázkromatográfia-tömegspektrometria kettős előnnyel rendelkezik, mint a gázkromatográfia-tömegspektrometria.
2. Érzékenység és felbontás: A gázkromatográfiás detektor tetején elhelyezett tömegspektrometriás detektorrétegnek köszönhetően a gázkromatográfiás tömegspektrométer érzékenysége és felbontása magasabb, mint a gázkromatográfiás tömegspektrométereké. A gázkromatográfiás-tömegspektrometriával bonyolultabb minták is elemezhetők, és nagyon alacsony tartalmú vegyületek is kimutathatók.
3. Költség: A gázkromatográfiához képest a gázkromatográfiás-tömegspektrometria (GC-MS) egy további réteg tömegspektrometriás detektorral rendelkezik, így költsége is magasabb, mint a gázkromatográfiáé. Alkalmas olyan helyzetekben, ahol a kutatás során magas követelményeket támasztanak az észlelési pontossággal, az elemzési mélységgel és az érzékenységgel szemben.
Összefoglalva, a gázkromatográfia-tömegspektrometria (GC-MS) a gázkromatográfiás-tömegspektrometriát (GC-MS) egy tömegspektrometriás detektorral kombinálja, amely bonyolultabb mintákat is képes nagyobb érzékenységgel és felbontással elemezni. Alkalmas olyan helyzetekre, ahol a kutatás során nagy felderítési pontosság, elemzési mélység és érzékenység szükséges, de a költségek is magasabbak.